La commune trouve ses racines dans une communauté d’Ancien Régime, elle-même héritée d’une paroisse attestée dès le XIIème siècle. La paroisse de Collonges est déjà citée à partir de 1145, comme dépendance de l'Abbaye de Talloires. Dès le XVème siècle et jusqu'en 1671, l'église de Collonges avait pour annexe l'église d'Archamps. En 1536, les Bernois établirent le culte réformé à Collonges, mais en 1597 c'est à Archamps que fut rétabli le culte catholique, en raison du mauvais état de l'église de Collonges.
Les deux paroisses furent ensuite séparées de 1671 jusqu'à la Révolution, avant d'être à nouveau réunies en 1803 ; mais cette fois-ci, c'est Collonges qui était l'annexe d'Archamps. Finalement, Collonges et Archamps furent définitivement séparées au spirituel en 1829, et au civil en 1836. Comme tout le Genevois français actuel, Collonges-sous-Salève a fait partie du Duché de Savoie, devenu en 1720 le royaume de Sardaigne, jusqu'à la Révolution, puis elle a été française de 1792 à 1814, intégrée au département du Mont-Blanc. N'ayant pas été rattachée au canton de Genève en 1815, elle retourne à l'Etat piémontais jusqu'au plébiscite de 1860 qui a vu le rattachement de la Savoie à la France. Il n’y a pas encore si longtemps et les Aînés s’en souviennent certainement, l’Eglise Catholique organisait dans chaque paroisse, ce qu’elle appelait des missions. Pendant une période déterminée, une ou deux semaines en général, la paroisse recevait un ou deux prédicateurs et tous les jours des offices particuliers étaient organisés à l’Eglise. Il s’agissait de «raviver» si besoin était la foi des paroissiens, de donner à chacun un regain de pratique religieuse. A cette occasion on érigeait souvent un oratoire ou une croix, un calvaire et on s’y rendait en procession depuis l’Eglise.